יד יערי בנוי משלושה נדבכים: הארכיון, המחקר וההנגשה - פרסומים, תערוכות, כנסים וימי עיון - שבמרכזה ההוצאה לאור של המרכז.
תפקידה של הוצאת הספרים הוא לתת ביטוי למחקרים ופרויקטים אשר נעשו על ידי חוקרים שונים, או פרי יוזמתם של חברי צוות יד יערי, כגון אלו שעסקו בתנועת השומר הצעיר מראשיתה לפני 110 שנים ועד ימינו אלה.
דגש מיוחד הושם על מחקר תנועות הנוער בתקופת השואה, מחקר אשר נעשה בשיתופם של טובי החוקרים בתחום ונסב על כלל תנועות הנוער הציוניות.
מכלול רחב של ספרי ההוצאה מייצג את מרכזיותה וחשיבותה של תנועת השומר הצעיר בפולין מראשיתה ועד סגירתה על ידי שלטונות המדינה בשנות החמישים של המאה שעברה.
תנועת השומר הצעיר הוקמה בארצות וביבשות שונות ובכל מקום היה לה ייחוד משלה. להיבט ייחודי זה ניתן ביטוי מרכזי בפעילות בהוצאה.
פן ייחודי נוסף הם ספרים העוסקים בנושאי תרבות אומנות וארכיטקטורה הקשורים לקיבוץ מראשיתו, לתנועה הקיבוצית בכלל ולקיבוץ הארצי בפרט.
הוצאת יד יערי בשיתוף הוצאת מורשת בית עדות ע"ש מרדכי אנילביץ', מוציאה בשנים האחרונות ספרי מחקר, מכתבים ויומנים מתקופת השואה.
שיתופי פעולה עם גופי אקדמיה, מחקר ותיעוד שונים הם מקור פורה נוסף לפרסומי ההוצאה כגון סדרת "בארי" לתרגומים מהספרות הסוציאל-דמוקרטית העדכנית ביותר.
הוצאת יד יערי וחבצלת מוסדות תרבות וחינוך מביאים לציבור המתעניינים מגוון רחב של ספרים הנושקים למעגלי ההיסטוריה, היצירה והמחשבה השומרית, הקיבוצית, הציונית, הישראלית והיהודית.
הוצאת יד יערי מקדמת את הנחלת מורשת השומר הצעיר במבט צופה פני עתיד!